Il 7 gennaio 1914 don Eustachio si trasferisce a Pompei, accolto con paterno affetto dal delegato pontificio, Sua Eminenza Augusto Silj, e dall'amico beato Bartolo Longo. Lo seguirà ben presto don Saverio Valerio, rimasto a Gravina per tacitare il popolo, contrario al loro allontanamento.

Nel 1915, disponendo della casa datagli allo scopo dalla Delegazione Pontificia, don Eustachio inizia ad accogliere qualche soggetto per riprendere l'Opera dei Piccoli Fratelli del SS.mo Sacramento, ma il vescovo Zimarino insiste per avere il ritorno periodico dei due a Gravina. Don Eustachio e don Saverio si rivolgono a S. S. Benedetto XV. Il Papa, a mezzo del Segretario di Stato, card. Pietro Gasparri, scrive al vescovo di Gravina, che è suo «augusto desiderio» che i due sacerdoti non si allontanino da Pompei «per il grande bene che essi fanno alle anime».

Sostenuta dall'autorità del card. Augusto Silj e dall'incoraggiamento del beato Bartolo Longo, in un primo momento sembra che la Congregazione maschile possa riprendere quota. Ma, lo scoppio della prima guerra mondiale, che porta via i primi membri e moltiplica il lavoro dei sacerdoti rimasti in campo pastorale, e l'epidemia di febbre spagnola, che vede in prima linea don Eustachio non solo come prete per l'amministrazione dei sacramenti, ma anche come medico, impediscono di realizzare l'Opera maschile, che tanto gli stava a cuore anche per il sostegno che in futuro avrebbe potuto dare all’Istituto femminile e alle associazioni laicali aggregate.

Con serenità e costanza eroica don Eustachio attende al ministero apostolico per tutta Valle di Pompei: lunghe ore al confessionale a conforto di quanti nel primo pomeriggio si recano al Santuario della Vergine del Rosario; catechesi ai fanciulli e agli adulti; direzione spirituale; missioni popolari; visite alle famiglie abbandonate nella campagna; cura pastorale degli infermi e dei moribondi, specialmente durante l'infuriare della febbre spagnola; disponibilità assoluta per chiunque avesse bisogno di aiuto e conforto.