Da Pompei don Eustachio segue con paterna sollecitudine le sorti delle Figlie del Sacro Costato le quali, dal 1918, corrono il pericolo di una scissione. Il Fondatore si adopera per scongiurarla, ma ogni speranza sua e di altri risulta vana. Egli, in una visione di fede e amore, rinnova l'offerta totale di sé a Cristo dal Costato trafitto, accettando anche questo sacrificio.

Chiude i suoi giorni all'alba del 2 gennaio 1923, lasciando dietro di sé una scia di discepoli, sacerdoti, religiosi e laici, i quali, attratti dal suo messaggio di «far conoscere agli uomini l'amore che Dio porta loro, affinché tutti lo amino e nessuno l'offenda», ne seguono l'insegnamento e l'esempio di vita completamente dedicata al servizio di Dio e dell 'uomo.

Le Figlie del Sacro Costato, presenti oggi nella Chiesa in due distinte Congregazione di diritto pontificio, Suore Missionarie del Sacro Costato e di Maria SS.ma Addolorata e Suore Missionarie Catechiste del Sacro Cuore, operano in diverse parti del mondo.

La Congregazione dei Piccoli Fratelli del SS.mo Sacramento, scomparsa sul nascere, nel 1993, col consenso di S. E. Emilio Pignoli, vescovo di Campo Limpo - Brasile, riprende vita ad opera del sacerdote-parroco, Giovanni Volmir dos Santos. Attualmente essa conta oltre 50 membri, alcuni dei quali compiono la loro formazione in Italia.

Le due Congregazioni femminili si impegnano con zelo in campo catechistico, liturgico, pastorale, pedagogico, assistenziale e missionario mentre i Piccoli Fratelli del SS.mo Sacramento si dedicano prevalentemente alla rivitalizzazione delle parrocchie loro affidate, quali centri di vita spirituale e di servizio pastorale.