Purtroppo, mons. Zimarino, che pure apprezza Montemurro per la sua cultura, la pietà e l'integrità di vita, non ritiene realizzabili le Opere da lui avviate. Con suo ripetuto ricorso alla Congregazione dei Religiosi, il prelato provoca il Decreto 21 febbraio 1911 per la soppressione degli Istituti avviati dal suo sacerdote e il 23 giugno 1911 lo applica nella sua diocesi.

Don Eustachio, che ha sempre manifestato ferma decisione specie nel campo della giustizia, nella difesa dei poveri, nella tenacia dei propositi, dinanzi a tali accuse infondate, si sottomette alla volontà di Dio Padre e in tutto segue Gesù Cristo che, mite e umile, sale il Calvario. Egli non contesta, beve il calice dell’incomprensione e obbedisce in maniera incondizionata al suo vescovo e a tutti i superiori ecclesiastici, che lo privano della direzione delle Opere da lui fondate.

Circostanze particolari portano all'affidamento dei due Istituti al can. Annibale Maria Di Francia, amico di Montemurro e suo difensore presso la Congregazione dei Religiosi. Al redentorista p. Antonio Maria Losito, suo direttore spirituale, don Eustachio scrive:

“Padre, io non ricuso lavoro, ma se il Signore volesse da me ora questa prova dell'amore che gli porto cioè che mi distacchi dalle Opere in cui mi ha messo e che vada altrove in cerca di asilo, come Egli è andato, per diversi luoghi, io voglio contentare quel Cuore Adorabile che tanto ha sofferto per me nelle agonie del Getsemani e negli strazii del calvario [...]. Di nessuna maniera voglio recare dispiacere al Santo Padre”.

Vescovi, cardinali e prelati si stringono attorno a don Eustachio. Essi constatano che il medico-sacerdote, fondatore di Opere utili alla Chiesa, è vittima di incresciose macchinazioni umane e con lettere ai dicasteri della Curia romana, al Papa e al visitatore apostolico difendono la sua pietà, umiltà, obbedienza e l'utilità grande del suo progetto di fondazione per la rivitalizzazione della Chiesa, specie del Mezzogiorno d'Italia.

Pio X, con suo telegramma, precedente l'8 dicembre 1911, consente il proseguimento dell'opera femminile e con ulteriore intervento del 28 giugno 1913, prega il vescovo di Gravina di permettere che don Eustachio e il suo compagno, don Saverio Valerio, possano passare alla diocesi di Nola e svolgere apostolato a Valle di Pompei.